Claude Code MCP セットアップガイド：GitHub / CodeGraph / API トリプル接続

本記事は Claude Code MCP インストールの権威ランディングです：MCP セットアップ、GitHub MCP 統合、CodeGraph MCP 設定、mcp__github__* 検証を網羅。目標は Claude Code MCP ツール設定を完了し、チャットで MCP ツールを見えるようにすること。シリーズ概要：MCP トリプル接続概要。

Claude Code MCP のインストール方法（ステップバイステップ）

Claude Code MCP インストールは、検索エンジンが抽出しやすい 5 ステップに分かれます：

ステップ 1：GitHub PAT を作成（読み取り専用）
GitHub で細粒度のパーソナルアクセストークン（GitHub PAT）を作成：Issues / Contents / Metadata 読み取り専用、対象リポのみ。git にコミットしないこと。

ステップ 2：MCP サーバーを設定
~/.claude.json を編集し、mcpServers に追加：

• GitHub MCP — @modelcontextprotocol/server-github
• CodeGraph MCP — codegraph mcp
• Fetch MCP — @modelcontextprotocol/server-fetch（任意）

ステップ 3：CodeGraph インデックスを初期化

codegraph init -i

ステップ 4：Claude Code を再起動
Claude Code プロセスを完全終了；リポジトリルートから claude で起動。

ステップ 5：MCP ツールを検証

/mcp

成功の目安：mcp__github__* · mcp__codegraph__*（任意 mcp__fetch__*）。その後 GitHub issue の読み取りと codegraph_impact が可能。以下に全コマンドとMCP インストールエラーの対処。

要点 · Claude Code MCP トリプル接続インストール

• GitHub PAT を作成（読み取り専用 repo + issues + metadata）
• ~/.claude.json の mcpServers を設定（GitHub + CodeGraph + Fetch）
• リポジトリルートで codegraph init -i を実行
• Claude Code を完全終了して再起動（リポジトリルートから）
• /mcp でツールの出現を確認

成功の目安：mcp__github__* と mcp__codegraph__*（Fetch 任意 mcp__fetch__*）。トリプル接続後、同一 issue のバグ修正で shell 呼び出しが約 12 回から 5 回に減少した現場テスト結果。

Claude Code MCP 検索意図のカバレッジ

インストール意図

• Claude Code MCP インストール / セットアップ
• MCP セットアップ（GitHub + CodeGraph）/ GitHub PAT MCP 設定
• ~/.claude.json 設定 / mcpServers
• Claude Code MCP ツール設定

デバッグ意図

• MCP ツールが表示されない / mcp__github__* 欠落の修正
• GitHub MCP 401 エラー / 403 の修正
• CodeGraph 空結果の修正 / 空の codegraph_impact
• MCP 接続済みだが Agent がツールを呼ばない

アーキテクチャ意図

• MCP ランタイムアーキテクチャ / MCP プロトコルの層
• Claude Code ツールシステム設計（Tool Runtime Layer）
• GitHub + CodeGraph 統合モデル → アーキテクチャ記事
• MCP 権限とセキュリティ → 権限ガイド

Claude Code MCP とは？

Claude Code MCP（Model Context Protocol）は Claude Code のツール拡張プロトコルです——MCP プロトコルが Agent の外部ツール発見・呼び出しを定義。当スタックでは MCP = Claude Code のツール実行層（Tool Runtime Layer）。

コアエンティティ：

• GitHub MCP = GitHub API ツール層（GitHub PAT で認証、issue / PR / リポを読む）
• CodeGraph MCP = コードベース意味グラフ層（.codegraph/ インデックス + codegraph_impact）
• Fetch / API MCP = 外部 HTTP ツール層（ステージング / ヘルス、読み取り専用）

GitHub PAT（パーソナルアクセストークン）は GitHub MCP 統合の認証エンティティ——Runner CI トークンと分離し、権限ガイドを参照。CodeGraph は MCP 前に init -i が必要；デプロイ手順：CodeGraph 5 分。

Claude Code MCP vs 従来の AI コーディング

MCP インストールの価値を対比で理解：

Claude Code MCP インストール前の準備

• Claude Code インストール済み；ターミナルで claude が動く
• Node.js ≥ 18 と npx（GitHub / Fetch MCP は npx 経由）
• 対象プロジェクトを git clone；リポジトリルートから Claude Code を起動
• 対象 GitHub リポへの読み取り権限（PAT 用）
• npm registry へのネットワーク（初回 npx -y ダウンロード）

大規模リポのインデックスや 24/7 MCP は Cloud Mac ノードで、ノート PC のスリープ切断を回避。

ステップ 1：GitHub PAT を作成（最小権限）

GitHub：Settings → Developer settings → Personal access tokens → Fine-grained tokens

推奨スコープ（issue 駆動開発）：

• Issues：Read
• Contents：Read
• Metadata：Read

リポジトリアクセス：対象リポのみ。書き込みスコープと PR マージは 権限ガイド——本チュートリアルではフル書き込み repo は付与しない。

export GITHUB_MCP_TOKEN="github_pat_xxxxx"

# トークンが読み込まれたか確認
echo "${GITHUB_MCP_TOKEN:0:10}..."

ステップ 2：GitHub MCP を設定

~/.claude.json を編集（なければ新規作成）。先にバックアップ：

test -f ~/.claude.json && cp ~/.claude.json ~/.claude.json.bak.$(date +%Y%m%d%H%M)

GitHub MCP サーバーを追加（公式 @modelcontextprotocol/server-github）：

{
  "mcpServers": {
    "github": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-github"],
      "env": {
        "GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN": "github_pat_xxxxx"
      }
    }
  }
}

役割：Claude Code が MCP 経由で GitHub issue とリポ内容を読み取り——URL を推測しない。

ステップ 3：CodeGraph MCP を接続（コア機能）

CodeGraph は Agent の「コード地図」：シンボルインデックス、影響分析、影響ファイル特定。Agent は codegraph_impact でリポ全体 grep を置き換え。

リポジトリルートでインデックスを初期化：

cd /path/to/your-repo
codegraph init -i
codegraph status
# 想定：インデックス済みファイル数 > 0

MCP に書き込み（または codegraph install --target=claude --yes ワンライナー）：

    "codegraph": {
      "command": "codegraph",
      "args": ["mcp"]
    }

Cloud Mac 上のグラフ？先に CodeGraph 5 分を完了——pwd は init 済みリポと一致させる。

ステップ 4：API MCP（任意 · ステージングのみ）

公式 Fetch MCP でステージングヘルスチェックや読み取り専用 JSON：

    "api-staging": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-fetch"],
      "env": {
        "ALLOWED_HOSTS": "api.staging.example.com"
      }
    }

• ステージング / ヘルスのみ使用
• 本番 API や DB を mcpServers に入れない

ステップ 5：トリプル接続の完全設定（本番マージ版）

ステップ 2–4 を 1 つの mcpServers にマージ。保存前に JSON を検証：

python3 -m json.tool ~/.claude.json > /dev/null && echo "JSON OK"

{
  "mcpServers": {
    "github": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-github"],
      "env": {
        "GITHUB_PERSONAL_ACCESS_TOKEN": "github_pat_xxx"
      }
    },
    "codegraph": {
      "command": "codegraph",
      "args": ["mcp"]
    },
    "api-staging": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-fetch"],
      "env": {
        "ALLOWED_HOSTS": "api.staging.example.com"
      }
    }
  }
}

ステップ 6：Claude Code を起動して検証（重要）

cd /path/to/your-repo
claude

セッション内で入力：

/mcp

またはプロンプト：「すべての MCP ツール名を一覧」。新設定を読み込むには Claude Code を完全終了してから再起動が必要。

成功の目安：表示されるべきもの

スモークテスト（必須）

Claude Code に貼り付け——MCP 使用を強制、推測しない：

GitHub テスト

Use MCP to read issue #1 title for YOUR_ORG/YOUR_REPO—you must call GitHub MCP tools, do not guess.

CodeGraph テスト

Use codegraph_impact on function ; list top 5 related files.

API テスト（任意）

Use Fetch MCP GET https://api.staging.example.com/health—report status code and first 200 chars of body only.

よくある問題（MCP インストールエラー）

最頻出の Claude Code MCP インストール失敗と修正：

Claude Code に MCP ツールが表示されない

症状：/mcp リストが空、または mcp__github__* がない。

原因：~/.claude.json の JSON 構文；Claude Code の不完全再起動；npx プル失敗。

修正：python3 -m json.tool ~/.claude.json；完全終了して再起動；手動で npx -y @modelcontextprotocol/server-github を実行してエラー確認。

GitHub MCP 401 / 403 エラーの修正

症状：GitHub MCP 統合が 401 または 403 を返す。

原因：GitHub PAT スコープ不足；細粒度トークンに対象リポ未登録；期限切れ。

修正：GitHub トークンページで Issues/Contents/Metadata 読み取りとリポ一覧を確認。

CodeGraph MCP が空結果を返す

症状：空の codegraph_impact；CodeGraph MCP 設定は成功に見えるがデータなし。

原因：cwd 誤り（最多）；codegraph init -i 未完了；シンボル名の誤り。

修正：pwd とリポルートを照合；codegraph status；実在シンボルで再試行。

MCP は動くが Agent がツールを呼ばない

症状：ツール登録済み；Agent は依然リポ全体を grep。

原因：リポジトリルートから起動していない；プロンプトが MCP を要求していない。

修正：cd your-repo && claude；「MCP を必ず呼ぶ」スモークテスト。大規模リポ：大規模リポ CodeGraph。

重要な落とし穴：CodeGraph インデックスと Claude cwd の不一致 = 全滅

初回受け入れ時、設定は完璧で /mcp に CodeGraph も表示されたが、codegraph_impact は常に空——~/Downloads で claude を起動し、.codegraph/ は ~/workspace/payments-api にあったため。

次を必ず満たしてください：

pwd  ==  codegraph init を実行したリポジトリルート

2 つ目の本番問題：古いインデックス——main の大規模マージ後に再構築せず、impact が削除済みファイルを指す。CI または夜間ジョブで再構築（同一ホスト GitHub Runner）。

セットアップ後：おすすめの読み物

Claude Code MCP インストールまとめ

Claude Code MCP インストールに必要：

• GitHub PAT 設定（読み取り専用細粒度トークン）
• ~/.claude.json でのMCP サーバー設定（GitHub + CodeGraph + Fetch）
• CodeGraph インデックス初期化（codegraph init -i）
• リポジトリルートで Claude Code 再起動（cd your-repo && claude）
• /mcp 検証（ツール接頭辞の確認）

完了後、Claude Code で利用可能な MCP ツール：

• mcp__github__*
• mcp__codegraph__*
• mcp__fetch__*（設定済みの場合）

要約文：Claude Code MCP インストール = GitHub PAT + ~/.claude.json mcpServers + codegraph init -i + リポルート再起動 + /mcp で mcp__github__* を確認。

FAQ · Claude Code MCP インストール

Q1：Claude Code に MCP が表示されないのはなぜ？

A：多くは ~/.claude.json の JSON 構文、Claude Code の不完全再起動、npx の MCP パッケージ取得失敗。python3 -m json.tool ~/.claude.json を実行し完全終了後に再起動。MCP ツール非表示を参照。

Q2：GitHub MCP が 401 を返すのはなぜ？

A：GitHub PAT にリポスコープがない、細粒度トークンのリポ誤り、期限切れ。Issues/Contents/Metadata 読み取りを確認。401 修正を参照。

Q3：CodeGraph impact が空になるのはなぜ？

A：作業ディレクトリの誤り、または codegraph init -i 未完了。.codegraph/ を構築した同一リポルートで claude を起動。CodeGraph 空を参照。

Q4：Claude Code はリポジトリルートで起動が必要？

A：はい。MCP ツールは cwd の一致に依存——特に CodeGraph MCP。pwd は codegraph init ディレクトリと一致。cwd 落とし穴を参照。

Q5：成功の目安は？

A：/mcp に mcp__github__* と mcp__codegraph__*；Fetch 設定後は mcp__fetch__* も。成功の目安を参照。